所谓知识分子的边缘化，就是说在从封建社会到现代社会的激烈转型中，中国传统意义上的“士大夫”失去了原来的精英地位（按照余的意思说，应该是说在国家生活的权力圈子中，知识分子的地位大不如前），从万般皆下品唯有读书高变成了臭老九。想必当胡适之听到毛泽东要赏他个图书馆馆长当时万般的不屑，当年的“北大校长”对“图书馆临时”的关系变成了“反动文人”和“红太阳”之间的关系。这恐怕是边缘化的最贴切写照。

还需要注意的是，古代的士大夫阶层是有产者，多半是当地的名门贵族，乡绅地主。士大夫就是上流社会，下层人民是没时间读书的。但是随着popular education的普及,就出现了现代意义的新知识分子:他们穷困,出身卑微,却因为大学教育而具有了社会改良和批判意识。这种情况在俄国也出现过，后来这些愤怒的年轻知识阶层直接导致了沙皇的遇刺。

所以在我看来，知识分子边缘化是大众教育普及的必然产物。但是在中国，这种边缘化（或者说对知识分子的猜忌）犹盛，这大概和某党的政权特色以及长期推行的反智主义有关系。于是，知识分子被赶出庙堂，沦落到今天的田地。

另外，有趣的情况同样发生在美国。美国高校长期以来被左派统治（你转的文章里说的），对把持国家大权的技术官僚和律师政客进行激烈抨击，这大约是另外一种边缘化。

说到这里，必须要澄清“知识分子”这个概念。应该说它是一个极度模糊的概念，但是intellectual一词来自俄语，指的是那些身处象牙塔，却充当社会良知角色的人，比如左拉在德雷福斯中的表现就最深刻的诠释了“知识分子”。这个和专业没有什么关系，但是现实中，大部分“知识分子”都还是人文专业的（也有例外，比如方舟子，学生物的却专注于学术打假）。而那些你说从事物理或者化学等研究的，严格的讲，应该叫“学者”“科学家”“科学技术工作者”。如果不坚守这个狭义定义，解读这篇文章就会出现很多困惑。至于说那些走入仕途的，我们有专门的称呼阿，“御用文人”“技术官僚”都是适合他们的头衔。

总之，这里知识分子的边缘化，余英时专指的是那些狭义上的intellectual。